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如果苹果自动删除了短信，可以尝试以下几种方法来恢复它们。
1、iTunes备份恢复：如果之前有使用iTunes备份手机数据，可以通过iTunes备份来恢复被删除的短信，具体步骤包括打开iTunes并连接iPhone，选择设备后点击“恢复备份”选项，选择最近的备份文件并点击“恢复”。
2、iCloud备份恢复：如果开启了iCloud备份功能，可以从iCloud备份中恢复删除的短信，具体步骤包括打开iPhone的设置，点击“通用”，找到“还原”选项并点击“从iCloud备份恢复”。
3、使用第三方软件恢复：市面上有一些第三方软件可以扫描并恢复iPhone中删除的短信，例如强力恢复精灵等，这些软件可能需要连接iPhone并扫描手机中的数据，然后列出所有可恢复的短信记录。
4、短信导出导入：如果之前将短信导出到计算机或其他设备，可以尝试重新导入这些文件来恢复短信。
无论使用哪种方法，都需要尽快采取行动，因为数据恢复的成功率可能会随着时间的推移而降低，建议在尝试恢复数据之前备份当前手机数据，以避免数据覆盖导致无法恢复，如果以上方法均无法恢复短信，建议寻求专业技术人员的帮助。